En 1240, Luis IX (San Luis) inicia su colosal proyecto de dar a su reino una ciudad portuaria que lo protegería, en sus futuras cruzadas, de los príncipes extranjeros, principalmente el emperador del Sacro Imperio Romano Germánico, Federico II, quien reinaba entonces en la Provenza, y del rey Jaime I de Aragón, cuyos territorios se extendían de Montpellier a Cataluña.
En pocos años se construyen la torre de Constance y un castillo, a la sombra de los cuales empieza a asentarse una población atraída por los impresionantes privilegios que el rey otorga para la fundación de Aigues-Mortes.
En 1266, Luis IX decide completar esta tarea con la construcción de murallas alrededor de la ciudad, cuyas obras finalizan apenas treinta años más tarde bajo el reinado de su nieto Felipe el Hermoso.
En el exterior del castillo, derruido durante un episodio de la Guerra de los Cien Años y reconstruido en el siglo XVIIe , la ciudad conserva la totalidad de su recinto de 1643 metros de perímetro, equipado con tres torres esquineras y dos torres de flanqueo, cinco grandes puertas y cinco poternas. Solo han desaparecido de este monumento, cuya distribución responde a la evolución de las armas, los fosos y los cadalsos, mantenidos hasta el siglo XVIII .
Puerto de las dos últimas cruzadas emprendidas por Luis IX, Aigues-Mortes es también desde el principio un puerto comercial: la ciudad logra incluso el monopolio de las entradas y salidas de mercancías del reino en 1278. Aun con su inevitable aterramiento, desde finales del siglo XIII el puerto conserva este monopolio hasta la anexión de la Provenza al reino de Francia en 1481.
Pese a su lento declive, la ciudad sigue disfrutando de la munificencia real. En julio de 1538, Francisco I elige la ciudad de su santo predecesor para recibir fastuosamente al emperador Carlos V, con quien pretende reconciliarse y obtener así el ducado de Milán, el cual codiciaba desde hacía muchos años. Pero los resultados de este encuentro de 3 días no son nada positivos para el reino: según lo acordado con el emperador, Francisco I al volver a París enciende en Lyon las primeras hogueras donde se enviarán a los protestantes franceses.
Estas primeras ejecuciones no impiden sin embargo el desarrollo del protestantismo, que se extiende rápidamente por la región del Midi, con Aigues-Mortes como escenario de numerosos enfrentamientos entre católicos y hugonotes. En 1574, la ciudad de Aigues-Mortes cae bajo dominio protestante. En 1576, Enrique III firma el Edicto de Beaulieu, que otorga ocho plazas fuertes o de seguridad a los reformados, entre las que destaca Aigues-Mortes. Esta resolución será confirmada por Enrique IV en su ilustre Edicto de Nantes, promulgado en 1598.
La ciudad conserva su ejército hugonote de unos 2000 hombres hasta en 1622, fecha en la cual la ciudad es asediada brevemente por Luis XIII y Richelieu: una simple demostración de fuerza y el gobernador protestante de la ciudad, Gaspard III de Coligny, duque de Châtillon, entrega la ciudad a su rey a cambio de recibir el bastón de mariscal de Francia. Aigues-Mortes se convierte entonces en el máximo exponente de la Contrarreforma.
A lo largo del siglo XVI , se multiplican las vejaciones contra los hugonotes, quienes reciben el golpe mortal por parte de Luis XIV, quien, en 1685, pronuncia la revocación del Edicto de Nantes. Privados de sus derechos, los protestantes franceses deben renunciar a su fe o abandonar el país. De lo contrario, serán perseguidos y encarcelados en las prisiones reales. Así, en 1686, Aigues-Mortes se convierte en uno de esos lugares de encierro de protestantes. La torre de Constance, las torres de la Sal, de la Mecha y de Villeneuve y las puertas de San Antonio y de la Reina se reacondicionan para alojar a estos hombres y mujeres procedentes de toda la región, a veces solo de paso antes de ser embarcados en buques reales como galeotes o casados a la fuerza y deportados a las colonias.
Hasta en 1768, por las prisiones de Aigues-Mortes transitan cientos de presos encarcelados por su fe. Entre los reos destacan el soldado suizo Paul Ragatz, quien causó mucha confusión por los salmos que cantaba desde la sala superior y que fueron reproducidos por las mujeres encerradas en la sala inferior, lo que obligó a la administración a cegar el oculus que ocupaba el centro de las salas; Abraham Mazel, que logró evadirse en 1705 de manera rocambolesca de la torre de Constance con 16 soldados camisards como él; y Marie Durand, encarcelada en la torre de Constance, destinada solo a las mujeres, durante 38 años hasta ser liberada por el nuevo gobernador de la provincia, Carlos Justo, príncipe de Beauvau, en 1768.
En el siglo XIX el pasado comercial de la ciudad no es sino un lejano recuerdo y el puerto, pese a los importantes trabajos de remodelación, es reducido a un simple puerto de cabotaje. Sin embargo, a lo largo del siglo se producen dos eventos auspiciosos para la región: la crisis de la filoxera que devasta los viñedos franceses desde 1870 no afecta a las tierras arenosas de la ciudad y el "vino de las arenas" empieza a expandirse. A lo largo de los años, las salinas que en la Edad Media solo ocupaban una pequeña porción de los estanques acaban ocupando gran parte de la rada extendida a los pies de la ciudad. En 1856, la Compañía de las Salinas del Midi agrupa las salinas hasta entonces dispersas y con distintos propietarios y desarrolla la producción de sal.
En 1893, los administradores tienen por costumbre contratar personal extranjero para realizar las penosas labores de carga de la sal que comienzan a mediados de agosto. Los peones italianos menos remunerados y con un trabajo más duro son cada vez más estigmatizados por la población local, que los ve como rivales, lo que desemboca en una fatal pelea que acaba con la vida de ocho obreros italianos, mientras el resto consigue protegerse en la torre de Constance. El incidente causa un gran revuelo y rompe momentáneamente las relaciones diplomáticas entre Francia e Italia.
El desarrollo del turismo de balneario, promovido por el Segundo Imperio, dará un fuerte impulso a la ciudad a finales del siglo XIX y, en particular, tras la Segunda Guerra Mundial.